El parque ocupa una superficie de 2249 ha entre islotes, tierra firme y zona marina, y constituye una de las principales áreas protegidas declaradas por la UNESCO como Reserva de la Biosfera. Abarca una región al norte del municipio Yaguajay constituido por Cayo Caguanes, la Ciénaga Guayaberas y 10 islotes llamados Cayos de Piedra, debido a la morfología única de su tipo en toda la isla. En la fauna del Parque Nacional Caguanes se han identificado un número de especies que supera las 200, entre ellas aparecen 70 géneros y 50 familias. La flora del Parque Nacional Caguanes está compuesta por 233 especies.