Είναι από τις αρχαιότερες μονές στην Κρήτη. Αναφέρεται σε χειρόγραφο του 1532 στη Μαρκιανή Βιβλιοθήκη της Βενετίας. Επίσης, αναφέρεται και σε συμβόλαιο του 1538 και από τον Cornelius. Στη βόρεια πύλη της μονής υπάρχει η χρονολογία 1585 και στη νότια το 1583. Κοντά στη σημερινή είσοδο αναγράφεται σε σαρκοφάγο το έτος 1554 και η επιγραφή ΘΕΟΔΩΡΟ ΤΟΥΜΠΑ. Στα δεξιά της εισόδου βρίσκεται θολωτή αποθήκη με επιγραφή που γράφει ότι το παρόν είναι έργο του Μαξίμου Λουκάρεως (αδερφού του Κύριλλου Λούκαρη) και τη χρονολογία 1628.
Κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας το μοναστήρι αποτέλεσε φυτώριο παιδείας. Ηγούμενοι στη μονή διετέλεσαν πολλοί, που αργότερα κατέλαβαν πατριαρχικούς θρόνους, όπως ο Μελέτιος Πηγάς, Πατριάρχης Αλεξανδρείας και ο Κύριλλος Λούκαρης. Τα κειμήλια , μεταξύ των οποίων και η αρχαιότατη εικόνα της Παναγίας της Ορφανής, και τα έγγραφα της Μονής μεταφέρθηκαν στα Κύθηρα.
Το μοναστήρι διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο και κατά τον πόλεμο εναντίον των Τούρκων. Το 1646 καταρτίστηκε σώμα Κρητικών από τον τότε ηγούμενο Αθανάσιο Χριστόφορο και πολέμησε κατά των Τούρκων. Κατά την Τουρκοκρατία ο πρώτος Μητροπολίτης Κρήτης, Νεόφυτος Πατελάρος, έδρευε στην Αγκάραθο και κατόρθωσε να ανασταλεί η διαταγή για την καταστροφή του μοναστηριού, χάρη στις φιλικές σχέσεις με τον Πασά Αχμέτ Κιοπρουλί.
Εντός του Ηγουμενείου της Ιεράς Μονής υπάρχει η Αιθούσα «Πατριάρχης Θεόδωρος Β’, ο Κρης και Αγκαραθίτης» Στην Αίθουσα αυτή εκτίθενται αφιερώματα, πατριαρχικά άμφια, τιμητικές διακρίσεις και προσωπικά αντικείμενα του Μακαριωτάτου, τα οποία δώρησε στη Μονή.
Στους αδερφούς της Μονής συγκαταλέγονται ο Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής Θεόδωρος Β΄ και οι Μητροπολίτες Γορτύνης και Αρκαδίας Μακάριος, Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου Ανδρέας, Πέτρας και Χερρονήσου Γεράσιμος, Ρόδου Κύριλλος, Ηλιουπόλεως Θεόδωρος, Πηλουσίου Νήφων και Νέας...
Read moreAgarathos is one of the oldest monasteries in Crete, and one of the most beautiful. As you can see from the photos, the interior of the church is magnificent, but the surroundings and location are as impressive. Located a bit off the beaten path, the monastery is actually not so for from the beaches East of Heraklion, and some amazing nature. A must...
Read moreAbsolutely the best most charming and magical of Crete's monasteries. Peaceful, humbling, serene. The church is richly decorated, the museum has amazing range of artefacts and handwritten letters going back to 1660s. The monk who greeted us was very friendly and welcoming, shook our hands warmly and offered us small snacks and...
Read more