El Templo de las Manos Cruzadas es el más célebre de los recintos ceremoniales hallados en Kotosh. La energía que se siente al llegar a este recinto es ancestral, el silencio y la vista del lugar invaden al visitante de una manera que no hay palabras para expresar lo que sucede dentro. Aunque es muy sencillo vale la pena visitarlo porque esconde más que una estructura física. En cuanto a su arquitectura tiene forma rectangular y mide 9.5 m de largo por 9.3 m de ancho. Antiguamente se ingresaba por el sur, por una portada de 2.15 metros de alto. Sus muros, de 2.4 a 2.8 m, fueron enlucidos con una fina capa de barro color blanco-crema y engalanados con nichos y hornacinas grandes de forma trapezoidal. Debajo de dos de estos nichos se descubrieron las famosas manos cruzadas modeladas en terracota, que los arqueólogos tuvieron sumo cuidado de no dañarlo. El significado de esta representación es un misterio. Los investigadores japoneses dijeron que podía significar amistad, acercamiento, bondad. Otros estudiosos opinan que las manos fueron el elemento fundamental en el templo, pieza básica de un rito de la que sería la primera gran religión americana. Es más bien probable que el relieve pudo ser parte de una efigie mayor, que ya no se conserva. Como todos los templos de su tradición, el piso está dividido en dos niveles con un fogón central en el nivel inferior y un conducto de ventilación subterráneo, por donde salían los humos, hacia el exterior.