С момента возникновения, Музей располагается в здании бывшей «Аптеки горного ведомства» - памятнике архитектуры федерального значения. Здание играет важную роль в панораме Екатеринбурга, являясь стилистической и исторической доминантой, размещается в непосредственной близости к месту зарождения камнерезного дела на Урале – Екатеринбургской Императорской гранильной фабрике.

Идея создания такого музея в самоцветной столице России возникла еще в конце XIX века в Уральском обществе любителей естествознания. А в 1920-е гг. «устроить в Екатеринбурге музей ископаемых богатств» страстно желал знаменитый художник – живописец, минералог, камнерез, предприниматель и патриот – А. К. Денисов-Уральский. Очень долгое время все попытки терпели неудачу, оставаясь лишь бумажными проектами. Реализовать столь востребованную идею в 1992 году удалось президенту Музея Надежде Петровне Пахомовой, а тогда – главному хранителю Свердловского областного краеведческого музея, члену Президиума Свердловского отделения Советского фонда культуры. Помощь в создании нового в России государственного учреждения культуры оказали профильные предприятия «Русские самоцветы», «Уралкварцсамоцветы», «Ювелиры Урала» и «Завод ОЦМ».

Основная экспозиция Музея знакомит посетителей с историей художественной обработки камня XIX – начала XX веков, малахитовыми изделиями, работами завода «Русские самоцветы» в XX веке и современным авторским камнерезным и ювелирным искусством. Предметом гордости музейного собрания являются камнерезные и ювелирные изделия всемирно известной фирмы К.Фаберже (их можно увидеть в «Золотой кладовой»). А с 2015 года в Музее большой популярностью пользуется «Изумрудная комната». Для юных посетителей постоянно работает «Бажовский зал», объединивший удивительные произведения из металла и камня мира бажовских сказов и уникальный памятник культуры начала XXI века –большие расписные лаковые панно – работы палехских мастеров. Каждый месяц в Музее открываются новые выставки разнообразной тематики по профилю коллекций, проводятся лекции, творческие встречи и мастер-классы.