Bugünkü Fener binası 1837'de II. Mahmut zamanında yenilenmiş ve daha sonra da zaman zaman tamir edilmiştir. Zeminden 21 m. yükseklikteki yuvarlak kulesinin üzerinde iki ayrı kat halinde etrafı parmaklıklı gezinti yeri bulunmaktadır. Kulenin dibinde ise tek katlı bir bina fenere ait depo ve lojman olarak kullanılmaktadır. Ayrıca mercek yapısı sabit kristal olan fener, ışığın 15 deniz mili uzaktan görülmesini sağlıyor. Fenerbahçe Feneri, idamlar dahil pek çok olaya sahne olmuş, İngiliz işgali sırasında İngiliz askerleri kuleye çıkmak istemişler Fenerci Mediha Hanım ve annesi, içkili askerleri elinde sopayla kovalamış. Cumhuriyet'in 10. yıl kutlamalarında ışıklandırılıp süslenmiş.