L'abbazia dedicata ai Santi Alessandro e Teodoro[1] venne fondata nel 764 da Silach, un nobile alemanno e nel 972 venne elevata al rango di Reichsabtei, Abbazia imperiale dall'imperatore Ottone I. Nel 1089 venne eretto un nuovo edificio[2] e già nel 1204, venne intrapresa la costruzione di un'altra chiesa, gotica, con un coro occidentale dedicato a San Michele e cripta dedicata a Sant'Orsola. Nel 1525 il monastero e la chiesa vennero saccheggiati nella guerra dei contadini tedeschi e nel 1553 si iniziò la ristrutturazione della chiesa in stile rinascimentale. Il coro venne sostituito da uno più ampio, le due torri ottagonali orientali vennero coronate da due cupole a cipolla e l'edificio di nuovo consacrato il 21 settembre del 1558. Durante la guerra dei Trent'anni la chiesa e il convento furono più volte saccheggiati fra il 1630 e il 1635. Nel 1682 si pensò a una nuova ristrutturazione barocca del monastero, che ebbe inizio nel 1686 a partire dalla vecchia chiesa. Questa conversione, però, durò poco, infatti già dal 1711 l'intero monastero fu a poco a poco abbattuto e sostituito da una nuova, grande, costruzione barocca, quella odierna. La chiesa fu ricostruita fra il 1737 e il 1766 dall'architetto Simpert Kramer (fino al 1748) e da Johann Michael Fischer in stile rococò. Nel 1802, con la secolarizzazione, l'abbazia imperiale venne sciolta e la chiesa divenne proprietà dell'Elettorato di Baviera prima, e del Regno di Baviera poi. Alcuni degli allora 48 monaci furono autorizzati a continuare la vita monastica a Ottobeuren e così il convento persistette. Dal 1834-35 il monastero divenne un priorato dipendente dell'Abbazia Benedettina di Santo Stefano di Augusta.