Dalam lontar Usana Bali, Mpu Kuturan atau Mpu Rajakretha membangun pura berdasar konsep yang dibawanya dari Kerajaan Kediri(Jawa Timur) untuk diterapkan di Bali seluruhnya.[3] Pura Sakenan ini dibangun oleh Mpu Kuturan pada abad ke-10 Masehi (sekitar 1005 M). Mpu Kuturan tiba di Bali pada tahun 1001 M dalam rangka menata-ulang aspek sosial-religius masyarakat Bali.[1] Prabhu Udayana dan Empu Kuturan merupakan penganut ajaran Buddha Mahayana Sakyamuni.

Pada masa pemerintahan Sri Dalem Ktut Ngulasir dari kerajaan Gelgel, rakyat Serangan diperintahkan untuk membuat pemujaan Bhatara di tempat yang sebelumnya disucikan Empu Kuturan dan menamainya "Parahyangan Dalem Sakenan". Nama Sakenan berasal dari kata Sakyamuni, yaitu ajaran Buddha yang dianut oleh Empu Kuturan. Pada masa pemerintahan Dalem Waturenggong (1411 saka atau 1489 masehi), ia bersama Dang Hyang Nirartha disebutkan membangun pelinggih Sekar Kancing Gelung di Pura Sakenan. Ketika Danghyang Nirarthamengadakan perjalanan keliling Bali untuk mengunjungi tempat-tempat suci, ia sampai di Pulau Serangan. Dalam Dwijendra Tattwaditulis:

"... sesudah Danghyang Nirartha mensucikan diri di Bukit Payung, lalu dia meneruskan perjalanan dengan menyusur pantai laut yang sangat indah dan mempesonakan menuju arah utara. Pantai yang dilalui cukup permai dengan pasirnya yang memutih memberikan keindahan alam yang mempesonakan, ditambah lagi dengan herembusnya angin dan lautan yang dapat menyegarkan jasmani dia."

Akhirnya, disana Danghyang Nirartha membangun pelinggih (bangunan suci) di Pura atau Kahyangan Sakenan.