Wzgórze Dupka leży nad starą szkołą, około 200 m na południe od drogi Siedlec-Zrębice, otoczone zewsząd polami. Jest ono porosłe lasem bukowym. Otwory jaskini są ukryte blisko szczytu, po północnej stronie.Obszerny otwór wschodni ma charakter zapadliskowej studni, o wymiarach przy górnej krawędzi 8x5 m. Stromym zboczem prowadzi on w dół. Od południa i od wschodu obrywa się ona najpierw pionowymi, później przewieszonymi, 5-metrowymi ściankami. Otwór zachodni ma kształt nieregularnego trójkąta, o szerokości 1,6 m i wysokości 1,2 m.
Pomiędzy otworami biegnie obszerny, 10-metrowy korytarz, szeroki do 7 m i wysoki do 5 m. W odległości 4 m przed otworem zachodnim, po jego lewej stronie, ponad metrowym prożkiem znajduje się myty korytarzyk, o długości 3 m i średnim boku 1 m. W dnie korytarza zasadniczego, od strony studni wcina się rynna denna, w postaci szczeliny o równoległych do siebie ścianach. Ma ona długość 8 m, szerokość 0,8-1,2 m i maksymalną głębokość 3,5 m. Od strony zachodniej jest ona zamknięta 3,5-metrowym progiem, pokrytym zwietrzałymi polewami kalcytowymi. Od strony studni jest otwarta. Dno we wschodniej stronie studni jest pokryte wantami, odpadłymi od silnie zwietrzałej w tym miejscu ściany studni. W głębi jaskini spąg jest pokryty rumoszem i grubą warstwą humusu z liśćmi bukowymi.
U podstawy lewej, południowo-zachodniej ściany szczeliny znajduje się wejście do szerokiego (4 m) lecz niskiego (0,7 m) korytarza, opadającego stromo do najniższego poziomu jaskini. Korytarz ten ma długość 11 m, szerokość 3-5 m i wysokość 0,8-1 m. Kończy się rumowiskiem, zamykającym całkowicie jego przekrój. Jedynie z lewej strony, pomiędzy ścianą korytarza a blokami skalnymi, otwiera się ciasna szczelina, o szerokości 0,4 m i długości 4 m, która doprowadza do najniższego punktu jaskini. Szczelina ta kontynuuje się dalej, przechodząc w niedostępne ciasnoty. Dno korytarza, oprócz ostatnich 3 metrów, pokrywa namulisko próchnicowe, wymieszane z rumoszem. Dno korytarza w końcowym fragmencie, a także spąg szczeliny do dna jaskini, pokrywa gruby rumosz skalny. Od rumowiska w kierunku północnym odchodzi jeszcze jeden, meandrujący korytarz, o długości 8 m, szerokości 1-2,5 m i wysokości 0,8-1,8 m. Korytarz ten przy końcu skręca ku NW, przechodząc w coraz ciaśniejszą szczelinę. U jej wylotu otwiera się w górę 4-metrowy komin. Na jego ścianach występują aktualnie tworzące się grzybki naciekowe. Dno korytarza pokrywa namulisko próchnicowe, pokryte kamieniami. Również w najniższym punkcie rynny dennej korytarza głównego, naprzeciw wylotu opisanego powyżej korytarza, znajduje się niewielkie (0,4x0,8 m) wejście do niskiej, owalnej komórki, mającej wymiary 6 m długości, 2-2,5 m szerokości i 0,8-1 m wysokości. Jej dno wypełnia również namulisko próchnicowe, pokryte grubym gruzem.
Górny korytarz został pierwotnie utworzony na kontakcie gruboławicowego wapienia z lekko skrzemionkowanymi wapieniami płytowymi (jura), których pakiet ma tutaj 1 m miąższości. Profil tego kontaktu jest widoczny przy ścianie spągowej części korytarza, po północnej stronie szczeliny. W następnym etapie rozwoju jaskini wody rozcięły spąg korytarza, wykorzystując pęknięcie o biegu NW-SE i tworząc rynnę denną oraz dolny korytarz. Rumowisko na jego końcu powstało ze zwietrzałych bloków skalnych i rumoszu, utworzonego podczas procesu niszczenia studni.
Górny poziom jaskini jest zupełnie widny. W środkowej części korytarza, po obu stronach szczeliny tworzą się zimą „chłopki” lodowe. Podczas dużych mrozów ta część wymarza całkowicie. Dolne piętro posiada mikroklimat typowo jaskiniowy, ze stabilną temperaturą i wilgotnością. Spotyka się tutaj zespół trogloksenów ze szczerbówką ksieni i motylem Triphosa dubitata. Na zboczu i ścianach studni występuje bogata roślinność naskalna, z udziałem porzeczki skalnej, zanokcicy skalnej, kopytnika, bodziszka cuchnącego, żywca dziewięciolistnego, zawilca gajowego, szczyru trwałego i poniżej - w miejscach bardziej cienistych - mchów i wątrobowców.