Il museo è ospitato all'interno dello storico palazzo Gottifredi al centro della città nel luogo denominato trivio . E' strutturato su più piani e contiene una ricca collezione epigrafica antica dell'Aletrium antica a partire dalla celebre lapide del censore Lucio Betileno Varo che a cavallo fra il II e il I secolo avanti Cristo realizzò molte opere pubbliche finanziandole anche in proprio. C'è poi una sezione di reperti archeologici protostorici e anche la copia di un tempietto etrusco rinvenuto anche esso ad Alatri, il cui originale si trova nel museo etrusco di Valle Giulia a Roma. Sono esposti anche reperti archeologici sequestrati in varie parti d' Italia dalle forze dell'ordine . Una sezione è dedicata ai cosiddetti "Viaggiatori di scoperta" , archeologi e studiosi di varie discipline, che fra la fine del XVII secolo e l'Inizio del XX visitarono Alatri attirati dalle antiche mura megalitiche, dette anche ciclopiche o pelasgiche. Una ulteriore sezione è quella demo-etnografica con l'esposizione di attrezzi della vita quotidiana, dell'artigianato e dell' agricoltura utilizzati nel corso del XIX secolo sino a metà del XX .