La chiesa di San Francesco si chiamava originariamente chiesa di San Fortunato: fu consacrata nel 1289 e retta dai monaci benedettini già nel XII secolo, quando con la chiesa di San Pietro e con altri edifici di culto poi scomparsi, fu donata al Vescovo di Grosseto da Clemente III nel 1188. Abbandonata dai Benedettini nel 1220, la chiesa passò ai francescani e fu consacrata come chiesa di San Francesco nel 1621 dal vescovo Francesco Piccolomini.

Fino alle soppressioni napoleoniche fu officiata dai Frati Minori Conventuali, poi nel periodo 1832-33 fu utilizzata come infermeria per i lavoratori della bonifica maremmana e dal 1859 al 1865 fu sede della Cattedra episcopale durante i restauri del Duomo. Il 9 giugno 1903 il vescovo Caldaioli riaprì la chiesa al culto dopo i lavori di restauro iniziati a fine ‘800 e nel 1924 il vescovo Matteoni la affidò ai Frati Minori della Provincia toscana delle Sante Stimmate, tutt’ora presenti. L’11 febbraio 1949 fu eretta a parrocchia. L’edificio è ad un’unica navata in stile gotico-francescano, con tetto a capanna. All’interno si conservano affreschi databili fra il ‘300 e il ‘600. La cappella di destra è dedicata a Sant’Antonio ed è stata al centro di un recente intervento di restauro e consolidamento. Nelle pareti affreschi dei Nasini. Sopra l’altare maggiore campeggia il bellissimo Crocifisso attribuito a Duccio di Boninsegna. Bello il presepe nel periodo natalizio.