Mahallî bir yayında caminin Tokat Vakıflar İdaresi’nde otuz beş sayfalık alt tarafı eksik Arapça vakfiyesi bulunduğu ve bunun 980 (1572-73) tarihli olduğu yazılıdır. Bu bilginin kaynağı, Tokat Müzesi’nde bulunan 1930 yıllarında son derece dikkatli ve gayretli Tokatlı bir araştırıcı tarafından yazılmış eski eserler defterlerindeki etraflı nottur. Burada bazı satırları aynen istinsah edilmiş bu vakfiyede caminin kurucusunun Ali Paşa olduğu açık olarak anlatılmaktadır. Ancak Tokat’ta Osmanlı devrinin en önemli eserlerinden olan bu caminin hangi Ali Paşa tarafından yaptırıldığı bilinmemektedir. Evliya Çelebi burayı Koca Ali Paşa Camii olarak adlandırarak, “gayet mükellef ve süslü ve mâmur olup selâtin camii gibi büyük kubbe ve yüksek sütunlarla donanmış...” olduğunu bildirir. Halil Edhem, Ali Paşa’nın Eretna (Ertena) oğulları soyundan geldiğini iddia etmişse de bu da inandırıcı görülmemiştir. Caminin yanındaki tamamen kesme taştan yapılmış türbede üç mezar bulunmaktadır. Kitâbelerine göre bunların ilk ikisinde, 980’de (1572-73) ölen Ali Paşa (halk Mustafa Bey’in mezar kitâbesindeki “...kim Ali Paşa” ibaresinin yanlış okunmasından dolayı buna Kemer Ali Paşa der) ile 972’de (1564-65) ölen oğlu Mustafa Bey yatmaktadır. Üçüncü mezar ise kitâbesiz olup paşanın zevcesi veya kızına ait olduğu kabul edilmektedir. Buna göre caminin yapılışı mezar taşlarındaki bu tarihler civarında olmalıdır. Ali Paşa’nın Sultan II. Bayezid’in damadı olduğu yolundaki söylenti de inandırıcı değildir. Ancak Mustafa Bey’in mezar taşındaki “...nesl-i Sultan Bayezid...” sözünden, Ali Paşa’nın Kanûnî Sultan Süleyman’ın oğlu olup isyan eden ve sonunda İran’a sığınmışken 969’da (1561-62) orada katledilen Şehzade Bayezid’in damadı olabileceği ileri sürülmüştür. Yine tahminlere göre Ali Paşa Tokat’a sürgün edilmiş ve II. Selim zamanında Şehzade Bayezid’in taraftarları bertaraf edilirken o da öldürülmüştür. Fakat bütün bu iddialar henüz sağlam bir dayanağa sahip değildir. Ali Paşa Camii 1939 yılındaki zelzelede hayli zarar görmüş, 1943 zelzelesinde hasarlar büyümüş, 1945’te ise son cemaat yeri kısmen yıkılmıştır. Cami 1953’te tamir edilmiş, ancak içinde pek çok tarihî şahsiyetin mezar taşları bulunan hazîresi ortadan kaldırılmıştır.

Ali Paşa Camii muntazam kesme taşla inşa edilmiş büyük ve gösterişli bir yapıdır. Avlusu ortadan kalkmış, caminin mimarisine uymayan bir şadırvan yapılmıştır. Çok geniş olan son cemaat yeri bir kubbe ile örtülüdür. Caminin harimi kare bir plana göre yapılmış, fakat çok kalın olan duvarlarda nişler oyulmak suretiyle mekân genişletilmiştir. Böylece elde edilen sekizgen desteklerin üstüne sekizgen bir kasnak inşa olunarak bunun da üstüne esas kubbe ve kasnağı yerleştirilmiştir. İçeride kubbeye geçiş, köşelerde tromplarla sağlanmıştır. Sağdaki ince uzun taş minare kürsüsü ile cami beden duvarı arasında küçük bir ara mekân bulunmaktadır. Böylece son cemaat yerinin iki yandan taşkın oluşu sağda bir dereceye kadar örtülmüş ise de solda bu taşkınlık gözü rahatsız edecek şekilde belirlidir. Mimari bakımından hoş olmayan bu aksaklık caminin ilk düşünülen planının tamamlanmadan kalmasına bağlanabilir. Belki harimin iki yanında tabhâne odaları yapılması veya son cemaat yerinin avluyu çeviren revaklar ve medrese odaları ile bağlanması tasarlanmış olabilir.

Caminin minber ve mihrabı sade olmakla beraber iki renkli mermerden zarif bir biçimde itinalı bir işçilikle işlenmiştir. Evliya Çelebi, muhtemelen bu caminin evkafından olan büyük bir Ali Paşa çifte hamamını da anar. Türbenin üstü, sekizgen bir kasnak üzerine oturan bir kubbe ile örtülüdür. Geniş iki pâyeye oturan bir kubbe ile örtülü bir ön mekân vardır. Bu kısmın Sivas valisi olan başka bir Ali Paşa tarafından yaptırıldığı ileri sürülür. Ali Paşa Camii’nin çok değerli Kafkas halıları ile döşenmiş olduğu da tesbit edilmiştir. XVII-XVIII. yüzyıllara ait olan on dokuz kadar halıdan bazıları müzeye kaldırılmış, bazıları ise yerinde bırakılmıştır.

semavi eyice, islam ansiklopedisi