Antiguamente fue la residencia barroca de los Capellanes de los Caballeros de San Juan, inaugurada por el Gran Maestro Wignacourt.

La gruta de San Pablo es uno de los sitios más venerados en Malta. La tradición cree que residió en esta cueva durante sus tres meses en el año 60, cuando naufragó en el viaje de Creta a Roma para ser juzgado frente a Julio César. Es a partir de aquí que se cree que predicó y difundió la palabra de Dios y, por lo tanto, le dio a la isla su religión cristiana. Un despertar del culto comenzó con el ermitaño español Juan Benegas De Córdoba, quien en 1600 adquirió las tierras de encima de la gruta y las utilizó como base desde donde promover la devoción de San Pablo. Después entregó el área a los Caballeros. Wignacourt también vio la necesidad de construir una universidad para el Capítulo establecido de los Cánones de la Colegiata de la Gruta de San Pablo, también conocidos como los Capellanes de la Orden, cuya misión era promover la devoción de San Pablo y cuidar la gruta día y noche. La estatua de San Pablo es de Melchiorre Cafà, donada por el Gran Maestro Pinto en 1748. Hay también, no en la gruta, otra escultura de Pablo de 1666, cuando el Gran Maestre Cotoner encargó la estatua a Lorenzo Cafà para reemplazar la de madera traída a Malta por Juan Benegas de Córdoba.

El nivel subterráneo consiste de un laberinto de hipogeos púnicos, romanos y cristianos, así como un complejo de refugios de la IIGM con dos corredores principales y unas 50 habitaciones. El área de las catacumbas es un fascinante laberinto de tumbas subterráneas del S.III que forman parte de la necrópolis romana. Se pueden observar baldaquinos sin valles y pequeños lóculos. Al mirar dentro de las tumbas de las ventanas también se puede ver dónde descansaban las cabezas de algunos fallecidos. Se puede acceder a una pequeña mesa ágape desde el otro extremo de los refugios, que se usaron para comidas rituales, que eran celebraciones llevadas a cabo en honor de sus difuntos. Los refugios en Malta (debajo de las catacumbas romanas) fueron cruciales para salvar la vida de muchas personas una vez que estalló la IIGM. Hay alrededor de 50 habitaciones y alrededor de 350 personas solían refugiarse aquí durante los ataques aéreos. Cada familia pagaría por tener su propia habitación excavada. Por eso las habitaciones estaban numeradas. Las familias trataron de adecentar sus habitaciones al tener tablones de madera que servían como puertas para la privacidad, o pintando las paredes, agregando azulejos y algunas electricidad, aunque la mayoría de los refugios estaban iluminados por simples lámparas de aceite o velas.

La planta superior es el principal espacio de exposición, con una impresionante galería de imágenes. Se exhibe un altar de madera único utilizado para la celebración de la misa en las galeras de la Orden de los Caballeros de Malta, que se hicieron teniendo en cuenta los mares agitados: los cálices estaban suspendidos y se equilibrarían dependiendo del movimiento de las olas. Era práctico, ya que permitía a los caballeros decir misa en cualquier lugar o momento dado, ya que estas alteraciones se encerraban en una caja y podían transportarse fácilmente. Cada galera de los Caballeros probablemente tenía su propio altar portátil a bordo y por eso es bastante sorprendente que este sea el único altar portátil conocido de este tipo. Hay una copia de la Sábana Santa de Milán que en 1663 el obispo de Turín Michale Beyamus testifica su autenticidad, de 293.5cm por 101cm. Muy poco de la figura de Cristo ahora es visible en la cubierta como resultado del envejecimiento y la mala conservación, sin embargo, todavía posee un encanto único. Lamentablemente, poco se sabe de este Sudario. Además hay una colección de reliquias y relicarios antiguos, esculturas en madera, alabastro; mapas, monedas, grabados y libros raros, entre los que se encuentran los "Septem Sacramants" del Rey Enrique VIII- escritos para confutar a Martín Lutero; y una capilla barroca para las devociones privadas de los capellanes residentes.