El Alcázar del Genil fue construido como almunia en época almohade (siglo XIII), y perteneció a la familia real nazarí con posterioridad, incluyendo a su más famosa propietaria la reina Aixa, madre de Boabdil, último rey musulmán de Granada.

Durante la Edad Media, esta parte de Granada no estaba en absoluto urbanizada, sino que se trataba de una extensa zona de huertos y tierras de cultivo al otro lado del río Genil. La realeza granadina gustaba de construirse palacetes o almunias que aunaban espacio de recreo y descanso con funciones de producción agropecuaria. El Alcázar del Genil respondería a este tipo de edificio, del mismo modo que encontramos otras almunias en el Cerro del Sol como los Palacios de Dar al-Arusa o de los Alixares. También se utilizó como residencia de embajadores extranjeros, como los castellanos, en misión diplomática en Granada.

En su momento, el Alcázar del Genil destacó por poseer una enorme alberca llena de agua en la cual llegaban a escenificarse naumaquias. Los restos de esta gran piscina o alberca pueden observarse en la cercana estación de metro de Alcázar Genil, bajo el nivel de la calle.

Los restos que conservamos del palacio son los de una 'qubba' o edificio de planta cuadrada coronado por una cúpula cubierta de mocárabes y artesonado de madera. Cubriendo las paderes encontramos lacería de estuco, atauriques, versos del Corán y ventanas con delicadas celosías.

Tras la conquista cristiana, el palacio pasa a manos de los Reyes Católicos, y para el siglo XIX terminará en manos privadas. Es entonces cuando se construyen dos alas anexas al edificio central. En la actualidad, el Alcázar del Genil es sede de la Fundación Francisco Ayala, y se puede visitar de manera gratuita.