Fue en 214 a. C. cuando el primer emperador de la dinastía Qin (221 a. C.-206 a. C.) incorporó la comarca de Guilin al imperio chino. La importancia estratégica de la ciudad se solidificó por la decisión de Qin Shihuang de construir el Canal Ling, lo que convirtió a Guilin en una de las puertas de enlace entre las llanuras centrales y la región de Lingnan. En la dinastía Song (960-1127) Guilin fue la capital del área comprendida por la moderna región autónoma de Guangxi y la provincia de Hainan. La importancia de Guilin aumentó aún más durante la dinastía Ming (1368-1644), ya que se convirtió en la residencia de sucesivas generaciones de príncipes de Jingjiang, todos descendientes influyentes de un nieto del emperador Taizu. Guilin fue la capital de Guangxi desde la dinastía Ming hasta 1912, después de lo cual la ubicación de la capital se mudó varias veces antes de establecerse finalmente en Nanning en 1949. Durante la guerra contra los japoneses antes y durante la Segunda Guerra Mundial, Guilin fue el emplazamiento de una base aérea desde la cual se lanzaron muchos ataques contra las fuerzas japonesas. En 1981, esta antigua ciudad fue catalogada por el Consejo de Estado como una de las cuatro ciudades (las otras son Beijing, Hangzhou y Suzhou) donde la protección del patrimonio histórico y cultural, así como el paisaje natural, debería ser una prioridad nacional.