La chiesa, con annesso monastero intitolato al Corpo di Cristo, fu edificata agli inizi del Quattrocento per volere di Paola Malatesta, moglie di Gianfrancesco Gonzaga, quinto capitano del popolo di Mantova affinché ospitasse le Clarisse Francescane. Alla costruzione partecipò anche l'architetto ducale Luca Fancelli che nel 1460 completò la costruzione del chiostro. Suor Livia Paola Gonzaga, figlia della marchesa Isabella d'Este e priora del monastero, fece affrescare la chiesa dopo la tumulazione della madre, grazie all'intervento del fratello Federico II Gonzaga, marchese di Mantova. Giulio Romano intervenne nell'opera, di cui rimangono tracce, dipingendo la scena funebre del funerale di Federico II. Tra la fine del Settecento e la fine degli anni cinquanta ospitò una caserma e una fabbrica. Oggi l'ex-convento ospita una scuola di restauro. Essendo il pantheon dei Gonzaga qui è sepolta anche Isabella d'Este.