Além da história da vila também tem boas exposições temáticas. O Museu da Vila Velha constitui-se como o corolário das campanhas arqueológicas levadas a cabo nos últimos anos na Vila Velha. Os trabalhos desenvolvidos deram já resultados, de uma dimensão inimaginável para o público em geral. No entanto, pretende-se que esses mesmos trabalhos continuem, contribuindo assim para um acumular de informação - e de acervo - que terá como consequências mais evidentes as exposições a realizar pelo Museu da Vila Velha. Ao mesmo tempo, pretende-se aumentar o número de áreas arqueológicas visitáveis, para além das já existentes - estrutura das Portas da Vila e vestígios de malha urbana na Rua de S. Dinis.

A organização do espaço interior do Museu, com a distribuição de espaços por dois pisos, permite a definição de duas áreas expositivas: no piso inferior, uma área dedicada a exposições temporárias, de temática diversa; no piso superior, uma área para a realização de exposições de média duração, preferencialmente relacionadas com a arqueologia.