Sus inicios datan de 1076, en un inmueble fundado por el Cid Campeador que funcionaba como hospital de peregrinos y leprosos, tal como recuerda una inscripción sobre la puerta. Sobre el año A de 1508, la iglesia, que se hallaba en ruinas fue reconstruida por don Sancho de Castilla, señor de Palencia, donde la convirtió en un museo de la familia. Desde entonces, San Lázaro pasó en manos de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios y comenzó a celebrar culto regular como parroquia, que se prolonga hasta el día de hoy. Fue reformada a finales de los años 50, ya que se encontraba en riesgo de derrumbe. Está situada en pleno centro de Palencia, en el típico barrio de La puebla.