函館市青函連絡船記念館摩周丸は北海道函館市にある博物館船である。日本国有鉄道（→北海道旅客鉄道）青函航路に就航していた津軽丸型連絡船「摩周丸（2代目）」の船体を使用（博物館船）し、内部も一部現役当時のものを残している。 （津軽丸型としての詳細は津軽丸 (2代)参照） 津軽丸型第5船で、建造中の外舷色はうす緑色（5G7/6）と乳白色（7.5Y9/0.5）で、当時就航中の八甲田丸や、先行して建造中の大雪丸（2代）と同色で、就航中の松前丸（2代） の緑色（2.5G5.5/6）と象牙色（2.5Y9/2）とも似ていたため、竣工直前に新幹線の色ということで、藍色（4.5PB2.5/7.8）とクリーム色（2.5Y9/4）に変更して就航した。就航後外舷上部は乳白色（7.5Y9/0.5）に戻され、更にその後象牙色（2.5Y9/2）に変更されたりはしたが、新造時より煙突色は外舷下部と同色で、終航まで大きな塗色変更はなかった。 大雪丸（2代）・羊蹄丸（2代）同様、搭載主機械重量増加による機関部重量増加に対応するため、溝形プレスを施した薄鋼板“ハット・プレート”（コルゲートプレート）の使用範囲を増やすなどして船体軽量化に努めたが、唯一の外板への使用個所であった航海甲板の甲板室外板への使用は、前後の消音器室の側面に限るなど3隻中最も抑制的であった。 本船から、遊歩甲板室後壁の傾斜を直立とし、その分航海甲板を後方へ拡張できたため、航海甲板後端では、後部消音器室の後ろ側にも旅客の歩行スペースができ、手摺を設けて展望の便を図った。 また、寝台車航送の準備工事として、車両甲板の前部機関室囲壁船尾側、船2・3番線間に短いプラットホームと、そこから船楼甲板の2等出入口広間へ上る階段が設置されたが、国鉄が目論んだ旅客を寝かせたままでの寝台車航送を運輸省が許可せず、結局寝台車航送は実現しなかった。しかし、この階段を使用することで、喫水線上約2mと低く、岸壁との間に容易にタラップを架けることのできる車両甲板中央部の舷門からの旅客の乗下船が可能となり、専用岸壁以外での客扱いができたため、摩周丸・羊蹄丸（2代）・十和田丸（2代）の3隻は、青函航路外への周遊船や、鉄道不通時の代行旅客輸送船としても使用された。 積載車両の横転を防ぐ甲種緊締具は、津軽丸就航時から、従来の重さ20kgのハサミ式のターンバックル方式から13kgの両側フック式に軽量化されたが、更なる軽量化を目指した鎖のレバー・ブロック方式も開発され、摩周丸以降の車載客船・車両渡船の船首側25mで採用された。 なお、函館市青函連絡船記念館摩周丸の前身は「函館シーポートプラザ」で、摩周丸はその一部という位置づけであった。