La iglesia de san Lesmes está ubicada extramuros frente al antiguo hospital de san Juan, hoy reconvertido en biblioteca pública y muy cerca del cauce del río Vena. Por aquí pasa el camino de Santiago. Desde el siglo XI se tiene constancia del monasterio de san Juan, en el que había un hospital, una capilla y una hospedería para peregrinos. El origen de esta iglesia se encuentra, precisamente, en ese antiguo monasterio. A finales del siglo XIV Juan I de Castilla ordenó el derribo de la pequeña capilla del monasterio, disponiendo la construcción de una nueva iglesia más grande que pudiera acoger a más feligreses. La iglesia de san Lesmes es un templo gótico de planta de cruz latina con tres naves, siendo la central más alta y ancha que las laterales. Tiene bóveda de crucería estrellada con arcos de medio punto soportada sobre grandes pilares. La fachada de la iglesia es bastante sobria y sencilla, destacando la portada principal de la plaza de san Juan con un arco ojival abocinado enmarcada por dos contrafuertes con dos ángeles custodiando la entrada. La puerta tiene tres arquivoltas con decoración vegetal y con el tímpano liso y sin decoración alguna. Destaca en su fachada principal el gran rosetón y la espadaña, del siglo XVII, con seis campanas y pináculos rematados con cruces. En su interior cabe destacar el retablo mayor barroco y el sepulcro de san Lesmes Abad con su imagen tallada como tapa. Es una obra del siglo XVI realizada en alabastro y ubicado en la nave central muy cerca del altar mayor. San Lesmes fue un monje benedictino fundador del monasterio de san Juan, siendo hoy el patrón de la ciudad de Burgos. Es muy interesante, también, el coro renacentista que se encuentra en el crucero y el retablo renacentista de la familia de los Salamanca. La entrada a la iglesia es libre y gratuita, abriendo todos los días, pero siempre con el respeto debido a las personas que allí estén orando y en los horarios del culto de las misas.