El edificio fue construido en 1929 por el arquitecto municipal José María Pérez Carasa, que diseñó un templo de estilo neogótico casi único en la provincia. Sufrió daños en 1936 durante la Guerra civil y en 1969 a raíz de un pequeño terremoto, Quedó muchos años cerrada al culto hasta que unos hermanos de la Hermandad de la Misericordia (años 1980) formaron una comisión prorestauración, favoreciendo la incoación de expediente de monumento histórico-artístico que protegía al edificio de su derribo.

Tras sendos proyectos y diferentes vicisitudes y con el apoyo del pueblo de Huelva, se llevó a cabo la primera remodelación, como la realizada por Francisco Javier Vallejo Osorno en 1991 u otra posterior y definitiva entre los años 1995 y 1997, gracias a la importante colaboración, entre otros, de la empresa Atlantic Copper. Ya en 2004 se le anexa la Capilla de la Misericordia, sobre unos terrenos propiedad de las Hijas de la Caridad, que cede a la Hermandad como agradecimiento y feliz reapertura al culto de tan emblemático templo neogótico.

El edificio El edificio consta de tres naves, una central y dos de pasillo, cubiertas con bóvedas en nervadura adornadas de tracerías y vidrieras. La fachada posee una triple entrada culminada por una torre central. Esta torre campanario tiene tracería calada y como remate un agudo chapitel, con bulbo y veleta de cobre envejecido.

El retablo lo componen diferentes imágenes: Nuestra Señora Estrella del Mar (obra más reciente de Miguel Bejarano.), San José, San Vicente, el Sagrado Corazón de Jesús y Santa Luisa de Marillac. En el atrio se encuentra la Virgen de la Milagrosa (de ahí el sobrenombre por el que se conoce popularmente al templo) y en el otro extremo San José y el Niño.