Première mosquée à prêche conçue comme un lieu de prière de rite hanifite, la mosquée Youssef Dey est construite au début du XVIIe siècle par le souverain Youssef Dey (1610-1637), qui ordonne sa construction en 1616. La mosquée est située au cœur du réseau des souks ottomans que ce même souverain fera édifier de son vivant : Souk El Trouk (réservé aux tailleurs turcs), souk El Birka (marché aux esclaves) et Souk El Béchamkia (pour les fabricants de « Biashmak », savates à la turque).

L’originalité de cette mosquée réside dans le remplacement de la traditionnelle chaire de prêche, le « minbar », en bois par un minbar bâti en maçonnerie, ainsi que par l'aménagement d'une mezzanine, « sidda », pour les lecteurs de Coran, par la forme du minaret, à base octogonale, et l’adjonction du mausolée funéraire du fondateur et de ses proches parents dans la cour.