5. yüzyılda yapılmıştır. Şar Mahallesi’ndedir. Kilise üç giriş kapısı, ince taş işçiliğine sahip mihrapları, dört yüz yıllık ahşap mihrap kapıları, 1500 yıllık kök boyası baskılı perdeleri, geniş avlusu içinde çan kulesi evi ve adeta dantel gibi işlenmiş taş oymacılığı örneklerinin yer aldığı divan ile dikkat çekmektedir. 1170 yılında kırk şehitlere ait kemikler bu kiliseye getirilmiştir. Bugün Mardin Metropolitlik Kilisesi’dir.

Kilisemizi tanımadan önce isminin nereden geldiğini belirtmemiz lazım. Bunun içinde iki mucize olayı anlatmamız gerekiyor. Bunlardan ilki Mor Behnam ve kardeşi Saro’nun hikayesidir.

Behnam hiçbir doktorun iyileştiremediği cüzzam hastası olan kız kardeşi Saro’yu Mor Matay’a götürür. Kısa bir süre sonra Saro iyileşir. Behnam da kardeşini Mor Matay’ın iyileştirdiğini vali olan babası Senharip’e söyler. Senharip buna inanmayarak olayın duyulmaması için çocuklarını öldürür; çünkü vali için çocuklarının bir Hıristiyan azizine inanması çok aşağılayıcı bir olaydır.

Sonradan Senharip evlatlarının acısından dolayı hastalanır. Karısı da onu Mor Matay’a götürür, aynı kızı Saro gibi o da iyileşir. İşte Tanrı’nın mucizesini gösterdiği ve Hıristiyanlığa inandıkları için öldürülen Mor Behnam ve kızkardeşi Saro adına M.S. 539’da Mardin’de bir kilise inşa edildi.

Diğer olayımız ise Romalılar tarafından Hıristiyan katliamına karşı koyan 40 kişi ile ilgili. Bu kişiler tutuklanarak cezaevine atılır ve işkence görürler. Bir müddet sonra zamanın imparatoru Dukius direnişçileri Sivas’a götürür. Zira aklına bir fikir gelmiştir. Bir hamam inşa ettirir; ama hamamın hemen yanında buz göleti vardır. 40 kişiyi bu gölete atar. İmparator’un düşüncesine göre soğuktan pes ederek göletten çıkacaklar ve sıcak hamama gireceklerdir.

Böylece inançlarını terk edeceklerini düşünür. İçlerinden sadece biri göletten kaçar ve sıcak hamama girer. Oracıkta hemen ölür. Diğer 39 kişi soğuktan kaçmaz ve donarak ölürler.

Gökte mucizevi bir şekilde 40 taç belirir. 39’u göletteki kişilerin başına gelir. Diğer biri boşta kalmıştır.

Bu mucizeye şahit olan hamamda nöbet tutan asker imana gelerek kendini buz göletine atar. O da donarak can verir. Boşta kalan diğer taç da askerin başına gelir. Bu askerin de içinde olduğu 40 kişi donarak ölürler; ve tarihe “Kırk Şehitler” olarak geçerler. Zamanla adlarına kiliseler inşa edilir. İşte bunlardan biri de Mardin’dedir.

Bu ikinci olayımız adına yapılan Mardin Kırk Şehitler Kilisesi 1170 yılında Artuklular tarafından camiye çevrilip Şehidiye Camii adı verilince (şimdiki Müftülük Merkezi) kilise büyüklerimiz yüzyıllar önce inançları uğruna şehit edilen kırk şehidin adını yaşatmak amacıyla MS.539’da yapılan Mor Behnam ve kızkardeşi Sara kilisemizin ismine eklediler ve Kırk Şehitler’in kemiklerini buraya naklettiler. Böylece bu kilise Kırklar Kilisesi adıyla tanınmaya başlandı.