La chiesa, prima del terremoto del 1693, sorgeva nella parte ovest dell'antico abitato di Ragusa sotto le mura del castello medievale, dove oggi si trova la chiesetta di Santa Agnese, edificata sulle sue rovine verso la fine del XVIII secolo.

Gravemente danneggiata dal sisma, viene riedificata al centro del nuovo abitato di Ragusa nella contrada del "Patro". Il 15 aprile del 1694 fu posta la prima pietra e la chiesa dopo appena quattro mesi era completa, tanto che il 16 agosto fu aperta al culto con una solenne cerimonia cui presenziarono tutti i maggiorenti della Contea. Il breve tempo occorso per la costruzione indica che si trattava di una piccola chiesa, inadeguata alle esigenze del nuovo quartiere della città in espansione.

Nel 1718 si iniziò, quindi, la costruzione nello stesso sito di una chiesa più grande. Due “capimastri” di Acireale, Giuseppe Recupero e Giovanni Arcidiacono, potrebbero aver svolto un ruolo progettuale, e alcuni particolari architettonici dei prospetti della chiesa di San Giovanni sono tipici dei monumenti barocchi dell'area Acese e Catanese, come le caratteristiche paraste bugnate o il monumentale portale maggiore (che presenta notevoli analogie con il portale marmoreo della Cattedrale di Acireale). Vi è anche presente una piazza