博物館本館には、出土銭貨としては日本最大量を誇る国指定重要文化財「北海道志海苔中世遺構出土銭」を含む考古資料、アイヌ風俗画などの美術工芸資料、ペリー来航・箱館戦争・函館大火などに関する歴史資料、函館の古き良き時代を物語る民俗資料、地質／鉱物／化石資料や北海道内外の動植物資料をはじめとした自然科学資料などが収蔵・展示されています。

博物館が所蔵する明治時代の商家に関する資料は市立函館博物館郷土資料館（函館市末広町19-15）で、アイヌやウイルタなどの民族資料については函館市北方民族資料館（函館市末広町21-7）で、北洋漁業に関する資料は北洋資料館で、函館出身の挿し絵画家・彫刻家梁川剛一に関連する資料は函館市文学館（函館市末広町22-5）で展示しています。

アクセス ■JR函館駅から市立函館博物館まで

市電：「函館駅前」電停から「谷地頭」行に乗車し、「青柳町」電停で下車（230円）。「青柳町」電停から函館公園正面入口を通って本館まで徒歩7分（所要時間約20分） タクシー：函館駅前タクシー乗り場から函館公園裏口まで約3.5km。函館公園裏口から本館まで徒歩1分（所要時間約10分） ■函館空港から市立函館博物館まで

タクシー：函館空港タクシー乗り場から函館公園裏口まで約11km。函館公園裏口から本館まで徒歩1分（所要時間約30分） ※函館博物館専用駐車場はありませんが、函館公園利用者用駐車スペースとして土木部用地（地図参照）を開放しています。 （午後7時～翌朝8時30分まで施錠されますのでご注意ください）