JR線（山手線・埼京線・湘南新宿ライン）と東京メトロ日比谷線が乗り入れる、東京都渋谷区恵比寿南１丁目に位置する駅。東京都渋谷区最南端の駅です。 ※湘南新宿ラインの特別快速は通過しますのでご注意下さい。

当駅が大規模複合商業施設「恵比寿ガーデンプレイス」への最寄駅である他、都内屈指の高級住宅街としても知られ、駅周辺には飲食店やコンビニが多数ある他、駅直結の「アトレ恵比寿」があります。 西側に進むと恵比寿公園がある他、東急東横線の代官山駅に行くことも可能。

元々ヱビスビールを製造・販売していた日本麦酒醸造有限会社（現在のサッポロビール）の貨物専用駅だったことに由来しています。ヱビスビールが恵比寿駅に由来したのではなく、七福神の恵比寿様に由来したヱビスビールの方が、先に誕生していました。 JR線の発車メロディーは最寄駅である恵比寿ガーデンプレイスの所在地は嘗てのサッポロビール恵比寿工場だったことから、ヱビスビールのCM曲である映画「第三の男」のテーマ曲が流れます。

JR線は島式ホーム２面４線を有する高架駅であり、１・２番線が山手線ホーム、３・４番線が埼京線及び湘南新宿ラインホームになります。 大部分は駅ビル「アトレ恵比寿」に覆われており、西口改札が１階・東口改札が３階に位置します。エレベーターは渋谷寄りに位置し、西口改札階と各ホームを結んでいます。

東京メトロ日比谷線は駒沢通りの真下に位置する、相対式ホームの地下駅。 改札口は中目黒寄りの恵比寿公園方面改札と、広尾寄りのJR恵比寿駅方面改札の２ヶ所ございます。 各ホームを結ぶエレベーター・エスカレーターは広尾寄りの改札内にございます。中目黒寄りは階段しかありません。

東武線久喜駅からの座席指定列車「THライナー」は当駅が終着駅となり、到着後は中目黒駅まで回送される。ライナーの始発駅は霞ケ関駅となります。 ホームドアは2023年（令和５年）11月中に設置され、12月16日(土)から使用開始されました。

１日の乗降客数もかなり多く、JR線・メトロ線共に約10万人以上が利用します。 特に、平日の朝ラッシュ時間帯は通勤客で大混雑しています。 前述の通り、複合施設「恵比寿ガーデンプレイス」へは、当駅南側にある動く歩道をご利用下さい。結構距離がある為、約250m進む必要があります。休日は多くの観光客で賑わっています。