Este espacio ya era una plaza cuando los cristianos reconquistaron la ciudad en 1248.[2]​ El nombre se debe a que entre 1268 y 1840 se accedía desde esta plaza al convento de San Francisco.[2]​ En el siglo XVI era la principal plaza de la ciudad.[2]​

En la Baja Edad Media, hasta el reinado de los Reyes Católicos, estuvieron en el lado oeste las antiguas pescaderías. Entre 1527 y 1534 el arquitecto Diego de Riaño comenzó en este lugar un nuevo ayuntamiento, continuado entre 1535 y 1540 por Juan Sánchez.[2]​ Este edificio fue ampliado en el siglo XIX por Demetrio de los Ríos.[2]​

En 1833, siendo asistente José Manuel de Arjona, se construyó un pasaje con arcos en la parte sur.[2]​ En 1928 se construyó en esa parte una nueva sede local del Banco de España, obra de Antonio Illanes del Río.[3]​

En el reinado de Enrique II se ubicó en la parte este, en la conocida como casa "Quadra", la Real Audiencia. El edificio fue reformado entre 1498 y 1499. Posteriormente, fue reformado, con su distribución actual, entre 1595 y 1597. La fachada fue reformada en 1606. En 1918 fue destruida por un incendio y fue reparada y reformada por Aníbal González.[2]​ El edificio fue adquirido y restaurado por la Caja San Fernando en 1981.[4]​ En la actualidad, es la sede de la Fundación Cajasol.

A lo largo de los siglos fue sede de torneos, corridas de toros, mascaradas, autos de fe y ejecuciones públicas.[2]​

En 1576 Diego de Pesquera, Asensio de Maeda y Bartolomé Morel realizaron una fuente con una estatua renacentista del dios grecorromano Mercurio. Esta fuente fue restaurada en 1665 por Pedro Sánchez Falconete. La fuente original despareció en un motín en 1712. En 1716 el cantero Juan Fernández Iglesias hizo una nueva fuente, a la que se colocó otra escultura semejante. En 1833 se desmontó la fuente y la estatua fue situada a lo largo del tiempo en distintas ubicaciones: los jardines de las Delicias, la casa de Levíes, la casa de los Pinelo, el Alcázar y los jardines de Murillo. Entre 1850 y 1855 se colocó en esta plaza la fuente de la Pila del Pato. Finalmente, en 1974, Rafael Manzano Martos hizo una fuente nueva para la plaza, a la que se colocó la estatua del XVIII.[5]