До начала церковной реформации XVI века собор являлся главным католическим храмом города Кёнигсберга (был посвящён Высокосвященному телу Иисуса Христа, Деве Марии, Всем Святым и Святому Адальберту), а затем главным лютеранским храмом Пруссии. В советские годы Кафедральный собор в Калининграде являлся объектом культурного наследия и входил в перечень памятников архитектуры республиканского (РСФСР) значения за № 0058. Кафедральный собор, построенный в стиле кирпичной (балтийской) готики, является одним из немногих готических сооружений в России. В настоящее время собор является одним из символов города Калининграда. Службы в соборе не проводятся, здание используется для размещения музейных экспозиций и проведения концертов. Действуют евангелическая и православная часовни. Первый кафедральный собор был построен между 1297 и 1302 годами в юго-западной части Альтштадта. После смерти епископа Зигфрида, при котором началось строительство собора, новым епископом стал Иоганн. Он счёл уже построенный собор слишком маленьким. По его просьбе в 1327 году магистр Тевтонского ордена выделил новый участок для строительства главной церкви города на острове Кнайпхофе. Точная дата начала строительства собора на новом месте неизвестна. Первоначально проект предполагал строительство собора-крепости, потому что территория была только что завоёвана, но гроссмейстер Ордена Лютер Брауншвейгский не дал на то разрешения, сказав, что «незачем строить вторую крепость всего лишь на расстоянии полёта стрелы от орденского замка». Таким образом, приостановленное строительство было возобновлено, но теперь собор возводился уже исключительно как культовое сооружение. В связи с ненадёжным грунтом острова под фундамент храма было забито более тысячи дубовых свай. Материалом для нового собора стали кирпичи старого собора (в Альтштадте), который был снесён. В 1553 году к фасадам собора были пристроены башни (на шпиле одной из них был установлен флюгер-русалка). Первоначально собор был однонефным, но потом к его западной части пристроили трёхнефный корпус. В орденские времена эти две части церкви были разделены: в однонефной части, известной как Высокие хоры, молились рыцари, в трёхнефной (Низкие хоры) — обыкновенные прихожане. В 1519 году в соборе прошла последняя католическая служба, а уже через четыре года здесь состоялась первая евангелическая проповедь на немецком языке. В 1528 году собор стал кнайпхофской приходской кирхой и собственностью города Кнайпхофа. Вскоре по соседству с собором возникает здание университета Альбертина, собор выполняет функции университетской церкви, а с 1650 года в южной его башне располагается Валленродская библиотека, уникальное собрание старинных книг и манускриптов. Связывает Собор и университет профессорская усыпальница, в которой с 1558 года хоронили профессоров Альбертины. Иммануил Кант был последним, кто обрёл там покой. К 200-летию со дня рождения философа в 1924 году с восточной стороны собора был воздвигнут мемориальный портик «Стоа кантиана» (автор — архитектор Фридрих Ларс). Фрагменты надгробия Альбрехта сохранились в соборе до сих пор. В 1640 году в башне собора были установлены часы с боем, а в 1695 году в соборе появился орган. В 1833 году собор был впервые отреставрирован, а в 1888 году там был установлен новый орган. Во время бомбардировок 1945 года церковь почти полностью выгорела, но само здание устояло. Впрочем, спасти убранство им не удалось: всё оно погибло в огне. За свою долгую «немецкую» историю собору приходилось быть не только культовым сооружением. В 1344 году граф Вильгельм IV Голландский попросил у епископа разрешения провести зиму в ещё не достроенном соборе вместе со своими лошадьми, и ему не было отказано. А в 1807 году часть собора (точнее — фамильная усыпальница Альбрехта) была превращена французами в военную тюрьму.