Il Teatro Margherita fu edificato tra il 1912 ed il 1914 nell'ansa del vecchio porto su pilastri fondati nel mare, per eludere il patto siglato tra il Comune di Bari e la famiglia Petruzzelli secondo il quale l'amministrazione s'impegnava a non realizzare altri teatri sul suolo comunale, ad eccezione delle costruzioni sul mare. Il teatro sorse in sostituzione del Varietà Margherita, un teatro in legno inaugurato il 5 ottobre 1910, che fu oggetto di violente critiche sia da parte degli imprenditori locali, che presentarono un progetto simile senza ottenere l'autorizzazione, sia dai fratelli Messeni, proprietari del Teatro Petruzzelli, che nel varietà videro un potenziale concorrente. Il Margherita in legno ebbe vita breve in quanto il 22 luglio 1911, alle tre del mattino, il teatro fu raso al suolo da un violento incendio che lo distrusse nel giro di un'ora e le cui cause non furono mai chiarite, anche se non vi fu l'esclusione del dolo.

La struttura del Teatro Margherita fu progettata in completo stile Liberty da Francesco De Giglio per conto della Società Anonima Pubblici Divertimenti Orfeo di Bari. La collaborazione al progetto di Luigi Santarella fu fondamentale per rendere il Margherita il primo edificio realizzato a Bari in cemento armato, e unico in Europa per la particolare costruzione su palafitte. Essendo interamente circondato dall'acqua il teatro era collegato alla terraferma da un pontile.

L'inaugurazione del teatro con il nome di Kursaal Margherita ebbe luogo il 22 agosto 1914 alle ore 21, con uno scelto programma di varietà contenente i migliori numeri del Café-chantant e diverse spettacolari attrazioni. Nella seconda metà degli anni venti con l'aggiunta del solaio di calpestio, costruito dal Circolo della Vela al di sotto del teatro, e con la successiva colmata del lungomare, il Margherita abbandonò l'aspetto di costruzione sospesa sull'acqua e venne così isolato dal mare. La costruzione fu duramente criticata da Armando Perotti nel 1919, il quale affermò che chiudere alla vista il lungomare di Bari per edificare il Teatro Margherita fosse una "criminosa follia". Nei saloni del Margherita ebbe sede dal 26 gennaio dello stesso anno, fino al termine della seconda guerra mondiale, il Museo Storico. Dopo essere stato spazio espositivo del museo fu allestita un'esposizione di guerra permanente e, dal 1921, insieme agli spettacoli di varietà furono alternate le proiezioni cinematografiche.

Nel 1943 il Teatro Margherita, occupato dall'esercito angloamericano, venne rinominato Garrison Theatre trasformandosi in sede di servizi ausiliari e club per l'intrattenimento delle truppe. Fu danneggiato sia dal bombardamento del 2 dicembre 1943, sia dalle schegge dell'esplosione della nave Henderson il 9 aprile 1945. Nel 1946 fu riconsegnato alla Società Orfeo, che nel 1912 aveva ottenuto la concessione demaniale per la realizzazione del teatro, la quale ne promosse la ristrutturazione e lo adibì esclusivamente a cinema fino al 1979, quando la società restituì il bene al Demanio.