En su interior el edificio cuenta con uno de los mejores claustros renacentistas de Canarias. En sus dos plantas se combinan piedra y madera. En la planta baja, cada uno de los lados del patio cuenta con siete columnas de cantería roja, de orden toscano, y con zapatas de madera. En el subsuelo se realizaron enterramientos de monjes, e ilustres de La Laguna que, en su momento, contribuyeron al sostenimiento del convento. También en la Iglesia se hallan los restos del historiador Juan Núñez de la Peña.

Seis capillas se erigieron entorno al claustro, fundadas por familias, cofradías y corporaciones de la ciudad. Hoy todavía se ven algunos vestigios, como las pinturas murales de inspiración italiana que decoran sus paredes; pero dichos espacios fueron reutilizados con otros fines tras la Desamortización eclesiástica.

El 25 de julio de 1983 se declara Bien de Interés Cultural, con la categoría de monumento, el exconvento de San Agustín.