Το 1950 συγκροτήθηκε τμήμα στον Α’ Κλάδο του Γενικού Επιτελείου Αεροπορίας (ΓΕΑ) με την ονομασία «Τμήμα Πολεμικής Εκθέσεως». Ήδη πριν από το 1949 είχαν εκδοθεί διαταγές προς τους Αξιωματικούς που είχαν λάβει μέρος στον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο να συντάξουν πολεμικές εκθέσεις με σκοπό την ιστορική καταγραφή, ενώ στη Διεύθυνση Επιχειρήσεων του ΓΕΑ ανατέθηκε η παρακολούθηση της σύνταξης, της τήρησης και της υποβολής των Ημερολογίων από τις Μονάδες.

Το Τμήμα Πολεμικής Εκθέσεως, καταργήθηκε τον Αύγουστο του 1956 και δημιουργήθηκε νέο, υπό τον Αρχηγό του Α’ Κλάδου του ΓΕΑ. Το νέο Τμήμα ήταν υπεύθυνο:

Για τη συγκέντρωση των αναγκαίων στοιχείων, με σκοπό τη σύνταξη της ετήσιας έκθεσης ιστορίας σχετικά με τη δραστηριότητα της ΕΒΑ σε ειρήνη και πόλεμο. Για την παρακολούθηση, μελέτη και εξαγωγή συμπερασμάτων από τα Ημερολόγια των Μονάδων. Για την έκδοση ιστορικών περιγραφών σχετικά με την εξέλιξη και δράση της ΕΒΑ στο παρελθόν. Για τη συγκέντρωση πληροφοριών και την έκδοση βεβαιώσεων ζώνης πρόσω. Το 1961 το Tμήμα Πολεμικής Εκθέσεως έγινε Διεύθυνση Πολεμικής Εκθέσεως, ενώ το 1962 μετονομάστηκε σε Διεύθυνση Ιστορίας Πολεμικής Αεροπορίας, υπαγόμενη αρχικά στον Αρχηγό Α’ Κλάδου και από το 1969 στο Β’ Κλάδο ΓΕΑ (ως Β7), περιλαμβάνοντας τα Τμήματα Ιστορίας, Φωτογραφίας και Γενικού Αρχείου.

Το 1974 συγκροτήθηκε η Υπηρεσία Αρχείων Αεροπορίας (ΥΠΑΑ), με αποστολή τη συγκέντρωση, ταξινόμηση και διαφύλαξη όλων των αρχείων της Ελληνικής Πολεμικής Αεροπορίας, καθώς και τη συλλογή και διαφύλαξη του μουσειακού υλικού.

Το 1983 η Διεύθυνση Ιστορίας έγινε Γραφείο Ιστορίας υπαγόμενο στον Υπαρχηγό του ΓΕΑ, ενώ το 1987 το Γραφείο Ιστορίας, το Γραφείο Οργανώσεως Πολεμικού Μουσείου ΠΑ και η Υπηρεσία Αρχείων ΠΑ ενοποιήθηκαν και αποτέλεσαν μία διοικητικά ανεξάρτητη μονάδα υπό τον τίτλο «Υπηρεσία Ιστορίας Πολεμικής Αεροπορίας», με άμεση υπαγωγή στη Διεύθυνση Δημοσίων Σχέσεων του ΓΕΑ. Η Υπηρεσία λειτούργησε με δύο βασικά γραφεία, το Ιστορίας και των Αρχείων, αφού το Γραφείο Οργάνωσης Πολεμικού Μουσείου το 1992 αποτέλεσε ανεξάρτητη μονάδα με έδρα τη Δεκέλεια, το σημερινό Μουσείο της ΠΑ.

Το 2005 η ΥΠ.ΙΣΤ.ΠΑ μετασχηματίστηκε σε Μονάδα επιπέδου Σμηναρχίας, με υπαγωγή στη ΔΑΥ και ονομάστηκε Μουσείο Ιστορίας ΠΑ (Μ.ΙΣ.ΠΑ)

Το 2018 το Μουσείο ΠΑ της 123 Σμηναρχίας Τεχνικής Εκπαίδευσης (123ΣΤΕ) εντάχθηκε στο Μ.ΙΣ.ΠΑ, ενώ το Μ.ΙΣ.ΠΑ εντάχθηκε στην 123ΣΤΕ ως Μονάδα επιπέδου Μοίρας.

Από τον Ιανουάριο του 2022, το Μ.ΙΣ.ΠΑ υπάγεται ως Διεύθυνση στο Γενικό Επιτελείο Αεροπορίας (ΓΕΑ) υπό τον Υπαρχηγό ΓΕΑ, με την ονομασία Διεύθυνση Ιστορίας (ΔΙΣ).