Ο ναός είναι χτισμένος κατά την περίοδο της πρώτης Ενετοκρατίας, στο Ναύπλιο αλλά μετά από τον βομβαρδισμό της πόλης από τους Ενετούς το 1686 και κατά την πρώτη τουρκοκρατία της πόλης, ο ναός έπαθε μεγάλες ζημιές μαζί με άλλους σαράντα ναούς. Έτσι, το 1702 ο ναός κτίσθηκε πάλι από την αρχή, με έξοδα της αδελφότητας των ορθοδόξων Ελλήνων του Ναυπλίου. Το μαρτυρά αυτό και επιγραφή που βρίσκεται έξω από τον ναό και γράφει ‘’ανιδρύθη εκ θεμελίων’’. Ο μεταβυζαντινός αυτός ναός έχει σχήμα εγγεγραμμένου σταυρού με οκτάγωνο μεγάλο τρούλο και ημιεξάπλευρη κόγχη ιερού. Μπαίνοντας μέσα, θα εντυπωσιαστείς από τις εικόνες, την απλότητα και την παλαιότητα του ναού. Άναψε ένα κεράκι και ξαπόστασε στα παλιά στασίδια. Η εικόνα της Αγίας Βαρβάρας στα αριστερά σου γιορτάζεται με όλες τις τιμές στις 4 Δεκεμβρίου.

Έξω από την είσοδο του Aγίου Σπυρίδωνα εκτυλίχθηκε μία από τις πιο μελανές σελίδες της νεότερης ελληνικής Ιστορίας. Εκεί, στις 27 Σεπτεμβρίου του 1831 πέφτει νεκρός από τα βόλια των Μαυρομιχαλέων ο πρώτος κυβερνήτης της ελεύθερης Ελλάδος, Ιωάννης Καποδίστριας την ώρα που πήγαινε να εκκλησιαστεί στο ναό του Aγίου Σπυρίδωνα, όπως συνήθιζε να κάνει κάθε Κυριακή. Στην εκκλησία αυτή που ήταν αφιερωμένη στον προστάτη άγιο της γενέτειράς του Κέρκυρας. Στην είσοδο του ναού, όμως, του είχαν στήσει καρτέρι οι δολοφόνοι του, που αφού τον χαιρέτισαν, του επιτέθηκαν. Ο μεν Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης με πιστόλι, ο δε Γεώργιος Μαυρομιχάλης με μαχαίρι. O θάνατος του Κυβερνήτη υπήρξε ακαριαίος. O Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης καταδιώχθηκε και θανατώθηκε από το μανιασμένο πλήθος, ενώ ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης εκτελέστηκε λίγες ημέρες αργότερα.