Клаусова синагога находится рядом со Старым еврейским кладбищем и является важной частью еврейского квартала, к которому относятся несколько исторических зданий Еврейского музея в Праге. В 1573 году по велению старосты еврейской общины Праги Мордехая Майзла, служившим в то время при дворе короля Рудольфа II, были построены три небольших здания. Они получили общее название «klause», в переводе с немецкого означающее «маленькое здание». Одно служило для принятия ритуальных омовений, другое для чтения молитв, а в третьем располагалась высшая школа Талмуда (Иешива). Более века здания функционировали без каких-либо происшествий, но в 1689 году сильный пожар полностью уничтожил все три дома. Восстанавливать их не стали, а на этом месте, в конце 17 века построили новую синагогу в стиле «раннее барокко» всего с одним нефом. Инициатором строительства новой церкви выступил Соломон Халиш Коэн, глава сгоревшей синагоги. Первое название вновь построенной церкви было «Новая клаусовая школа». На то время это была самая внушительная по размерам синагога в гетто, она занимала второе место по значению среди других храмов и относилась к Похоронному братству Праги, в чьи обязанности входила организация еврейских похорон, обслуживание еврейских кладбищ и забота о больных, престарелых и умирающих людях. Следующая реставрация синагоги была произведена в конце 19 века. Над входом в нее есть надпись на иврите, в переводе звучащая, как «Это Врата к Господу, справедливые сквозь них проходят». Для поддержания синагоги в удовлетворительном состоянии, небольшие реставрационные работы проводились еще несколько раз: в 1960, 1979, 1982 и 1983 годах.